Команда «СКА-1946» входит в систему команд СКА, представляя Хоккейный клуб в Молодежной хоккейной лиге.

Команда является одной из старейших молодежных команд в России, впервые принявшей участие в Чемпионате СССР (Вторая лига) в сезоне 1979/80.

Современное название команда получила одновременно с созданием Молодёжной хоккейной лиги — в преддверии первого Чемпионата МХЛ (2009). Лига призвала клубы отказаться от «двоек» в названии молодежных команд, обозначавший их дублирующий характер. Новое название стало результатом масштабного опроса болельщиков команды и обсуждения, инициированного руководством клуба, в котором приняли участие ветераны СКА, тренеры и хоккеисты молодежной команды. 1946 в названии – год основания СКА.

В сезонах 2014/2015 и 2017/2018 хоккеисты «СКА-1946» выходили в финал розыгрыша кубка Харламова и по итогам сезона завоевали серебряные медали. По итогам сезона 2019/20 команда "СКА-1946" стала победителем Первенства среди юниоров до 21 года. В сезоне 2021/22 команда "СКА-1946" впервые в своей истории стала обладателем Кубка Харламова.

Вице-президент и главный тренер СКА Роман Ротенберг входит в состав Правления Молодежной хоккейной лиги.

Временно исполняющий обязанности главного тренера команды – Павел Канарский.

Домашние матчи «СКА-1946» проводит в МСК «Хоккейный Город» (1 500 зрительских мест).